Re: Ecrire la chimie

[Emmanuel Curis <curis@xxxxxxxxxxxxxx>]

	Bonjour,

Dans son message, Jacques Melot a écrit :

« « ne connaîtriez-vous pas un logiciel (sur PC) pour "écrire" (dessiner) les
« formules de chimie organique ? »
« 
«    Quelqu'un parmi vous saurait-il y répondre (Emmanuel Curis, peut-être) ?

	Pour la chimie organique, les grands classiques sont ChemDraw
(éventuellement Pro), qui tourne aussi bien sur PC que sur Mac et qui est
celui que je connais le mieux, et MolDraw je crois. Il y a aussi un truc qui
s'appele IsisDraw, il me semble, ou quelque chose de ce genre. Mais je connais
assez peu ces deux derniers, et comme je ne fais plus beaucoup d'orga...

	À mon avis, ChemDraw fait des jolies formules. L'export soi-disant EPS
marche bien, à condition d'accepter le PS complet (en tout cas, je le récupère
sans problème sous Calamus, qui pourtant n'est pas PS à la base, et il est
couramment récupéré sur Word/Mac par le couper-coller classique ; je ne sais
pas ce que ça donne sur PC) ; je ne sais pas ce que donnent les autres formats
d'export.
	Avis personnel : l'harmonisation taille & épaisseur de la formule,
texte des symboles chimiques et texte dans lequel s'insère la formule n'est
pas toujours heureuse ni simple. Mais bon, ce n'est peut-être pas uniquement
la faute du logiciel...

	Inutile de dire que pour faire autre chose que des formules planes de
chimie organique (et quelques complexes inorganiques simples), c'est
inutilisable... Réciproquement, les logiciels de structure 3D (en particulier
de structures cristallographiques) sont inutilisables pour l'orga le plus
souvent.

	Pour LATEX : j'ai récupéré le document parlant de l'extension chimie
(enfin, un document, il existe peut-être plusieurs extensions), un temps où,
trainant en salle d'info, tout le monde me serinait « Tex est génial pour les
documents scientifiques ». Conclusion immédiate : jamais je n'utiliserai ça
:-)
	En effet, la formule chimique doit être décrite à partir de quelques
éléments de base, du genre « dessiner un cyclohexane chaise dont les 12
substituants sont (..., ..., ..., ...) » ; le nombre de macros de base m'a
paru très limité et de toute de façon, rien que pour dessiner un truc comme un
disaccharide (par exemple le motif de la cellulose), c'est un calvaire (avis
personnel) puisque ça va donner un truc du genre
   chaise_droite_avec_le_O_qui_va_bien(OH, H, OH, ... ,
chaise_droite_avec_le_O_qui_va_bien_mais_pas_la_meme(H, OH, H, OH, ...) )
	et je me demande d'ailleurs comment on lui dit avec ce système sur
quel substituant de la seconde chaise arrive la première chaise et ce qu'il
faut y mettre (mes essais datent d'il y a 4 ans environ, et je dois avouer
avoir été très très vite découragé...).
	(En plus, les cycles à 5 semblent dessinés avec un pentagone
irrégulier avec deux angles droits, ce qui n'est pas très correct...)

	Le gros problème, je pense, c'est que lire une formule chimique plane
de façon linéaire (donc l'écrire par ce système de macros) fonctionne assez
mal et n'est pas naturel, alors que ça marche bien pour les maths : quand on
voit un signe intégral, on lit « intégrale de a à b de f(t)dt », mais quand on
voit une formule plane il n'y a pas vraiment de telle lecture possible (il
faudrait appliquer les règles de nomenclature officielle, mais ça fait des
noms de 20 lignes alors...).

	Étant donnée l'immense variété des formules chimiques que l'on peut
inventer, j'aurai tendance à dire que ce module tex est utilisable uniquement
 1) pour des formules (très) simples
 2) dans des cas prévus par l'auteur (pas l'exemple donné, par exemple,
pourtant très courant :-)
	mais en aucun cas par des organiciens (qui, en plus, sont souvent
fachés avec l'info :-) donc sont peu enthousiasmés par tex)

	Bref, je préfère encore dessiner directement mes formules sous
Calamus ! Et pourtant, c'est déjà ennuyeux.
	La solution idéale me semble bien l'utilisation de ChemDraw ou de l'un
de ses équivalents.

« N.B.   Les solutions sur Macintosh m'intéressent personnellement.

	Le plus répandu sur Mac est ChemDraw.
	C'est un logiciel commercial édité par une université anglaise, je ne
sais plus laquelle.

-- 
				Emmanuel CURIS
				Emmanuel.Curis@xxxxxx

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